14.01.2022

Abwassermonitoring: Omikron hat Berlin im Griff

Der Anteil der Omikron-Variante des Coronavirus SARS-CoV-2 lag in Berlin Anfang Januar 2022 bei 90 Prozent. Das zeigen Abwasseranalysen des Max-Delbrück-Centrums (MDC) und der Wasserbetriebe. Anfang Dezember 2021 lag der Anteil noch bei fünf Prozent. MDC-Teams haben ein computerbasiertes Werkzeug für solche Untersuchungen entwickelt. Im Februar 2021 begannen mehrere Teams des Max-Delbrück-Centrums für Molekulare Medizin in der Helmholtz-Gemeinschaft, im Berliner Abwasser nach dem Erbgut des Coronavirus zu suchen. Sie sequenzierten es, interpretierten die erhaltenen Daten und visualisierten die Ergebnisse in anschaulichen Grafiken. Das Resultat der gemeinsamen Arbeit haben Vic-Fabienne Schumann und Dr. Rafael Cuadrat von der Technologie-Plattform „Bioinformatics and Omics Data Science” von Dr. Altuna Akalin, der das Projekt koordiniert hat, gemeinsam mit ihren Kolleg*innen veröffentlicht. Das am MDC entwickelte Tool ist dadurch anderen Wissenschaftler*innen, die mit ihm arbeiten wollen, zugänglich. Die Delta-Variante ist in Berlin praktisch verdrängt. Das Ergebnis bestätigt Analysen, die das Labor der Berliner Wasserbetriebe gemacht hat. Auch sie zeigen im Verlauf des Dezembers steigende Anteile der Omikron-Variante. Auf der Preprint-Platform „medRxiv” haben die Forscher*innen das Werkzeug namens „PiGx SARS-CoV-2” detailliert vorgestellt. „Es handelt sich um ein computergestütztes Tool, mit dem wir die Infektionsdynamik und die zirkulierenden Varianten von SARS-CoV-2 zeitgleich an verschiedenen Standorten grafisch darstellen können”, erläutert Schumann. „Das Wichtigste, was man in diese End-to-End-Pipeline einspeisen muss, sind die Resultate der RNA-Sequenzierungen aus dem Abwasser, die Informationen über die zu untersuchenden Varianten und ein paar Nebeninformationen zu den Daten.”