Die Isar soll vom Sylvensteinspeicher bis zur Mündung bei Deggendorf, über 200 km Länge, für Fische wieder durchwanderbar werden. Das sagte die Bayerische Umweltministerin Ulrike Scharf am 24. April 2017 in München. Dafür sollen gemeinsam mit den Wasserkraftbetreibern über 30 Millionen Euro investiert werden. Zahlreiche Fischaufstiegshilfen sind ein wesentliches Element für einen besseren ökologischen Zustand der Isar. Die jüngst errichteten Fischaufstiegshilfen in Baierbrunn, in Altheim und Niederaichbach stehen dafür Pate. An rund einem Dutzend Wasserkraftanlagen sind neue Fischtreppen und Umgehungsgewässer gebaut oder wesentlich umgestaltet worden. Die bislang längste freie Fließstrecke der Isar besteht auf etwa 55 Kilometern zwischen dem Flecker Wehr bei Lenggries und Höllriegelskreuth. Bereits in den vergangenen Jahren wurden verschiedene Umbauten an Querbauwerken entlang der Isar vorgenommen und damit die ökologischen Verhältnisse der Wasserlebewesen vor Ort verbessert.
Im Stadtbereich von München wurde im Zuge des 2011 abgeschlossenen Isarplans das alte kanalartige Flussbett zu einem lebendigen und naturnahen Fluss umgestaltet. Der Freistaat und die Landeshauptstadt München haben dafür rund 35 Millionen Euro investiert. Aktuell laufen an der Isar weitere umfangreiche Renaturierungsmaßnahmen, um die örtlichen Lebensbedingungen der Fische zu verbessern und die Uferbereiche naturnaher zu gestalten.
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